YYS Belgesi gümrük ve dış ticaret işlemlerinde çeşitli kolaylık ve ayrıcalıklar sunan uygulamalar sağlamaktadır. Bunları sıralayacak olursak; İhracatta ve ithalatta yerinde gümrükleme, İzinli alıcı, "onaylanmış ihracatçı" yetkisi ile ATR Dolaşım Belgeleri ve Fatura Beyanı Eur-Med; Eur.1 belgelerinin düzenlenmesi ve onaylanması yetkisi verilmektedir.

Geçici ithalat ve ihracat rejimlerinde ayniyet tespiti yapılmadan işlem yapılabilirken, yetkilendirilmiş yükümlü sertifikası sahiplerine beyanın kontrol türüne göre kolaylıklar sağlanmakta olup, yeşil hat uygulaması ve taşıt üstü işlem kolaylığı da bulunmaktadır. Emniyet ve güvenlik uygulamalarında da çeşitli kolaylıklar sunulmaktadır, örneğin özet beyanlarda gümrük kontrolleri azaltılmaktadır.

Ayrıca, yetkilendirilmiş yükümlü sertifikasına sahip firmalar TAREKS risk analizi ile ilgili öncelikli uygulamalardan faydalanabilirken, dahilde işleme izni alınan ithalatlarda ayniyat yapılmamaktadır. Bu uygulamalar sayesinde firmalar uluslararası pazarda daha güvenilir ve tercih edilen tedarikçiler haline gelmektedir. Karşılıklı tanıma anlaşması yapılan ülkelerde yetkilendirilmiş yükümlü olarak kabul edilen firmalar, farklı ülkelerde sağlanan ayrıcalıklardan da yararlanabilirler.

Bu uygulamaların etkisiyle işletmeler, güvenilirlikleri artmakta, tedarik masrafları azalmakta, işbirliği ve planlama yetenekleri gelişmekte, piyasada tercih edilen aktörler haline gelmekte ve işletmenin liman ve depolama gibi çeşitli masrafları azalmaktadır.